办公室:负责政务和业务综合工作;负责组织行业政策法规研究拟订和技术方案制定。
党委办公室:负责党务日常工作;负责党的政治、思想、组织、作风、纪律和制度建设,承担统战、工青妇和对口帮扶工作。
人事教育处:负责干部队伍、人才队伍建设和管理;承担机构编制职能配置、教育培训、工资、社会保险、干部人事档案和离退休人员管理等工作。
纪检审计处:负责党风廉政建设和反腐败工作;开展党纪党规廉政教育;承担监督执纪问责相关工作;承担内部审计工作。
林业有害生物防治处:负责全国林业生物灾害防治和相关生物安全业务工作;负责拟订应急预案,指导各地灾害防治、应急处置,开展防效评价和包片蹲点。承担林长制相关考核指标测算、评估工作。
草原有害生物防治处:负责全国草原生物灾害防治和相关生物安全业务工作;负责拟订应急预案,指导各地灾害防治、应急处置,开展防效评价;承担林长制相关考核指标的测算、评估工作。
植物检疫处:负责全国林草植物检疫和相关生物安全业务工作;负责各地检疫工作指导,组织协调联防联治联检,承担风险分析、检疫信息管理和核实;拟订检疫性有害生物名单和生物安全名录。
有害生物监测预报处:负责全国林草有害生物监测预报和相关生物安全业务工作;承担全国监测预报网络业务管理、信息核实和绩效评价;开展日常监测、专项调查、普查和趋势预测,发布监测预报信息。
药剂药械处:指导各地安全使用药剂药械;承担新药剂新药械试验推广和测试验证;参与制定林草用农药环境影响评价指标体系;组织开展药剂药械市场调查和安全使用评价。
疫源疫病监测处:负责全国野生动物疫源疫病监测预报和相关生物安全业务工作;承担全国监测预报网络业务管理和信息核实,组织开展日常监测、专项监测和趋势预测。
生物安全处:负责全国林业、草原生物安全和野生动物疫源疫病防控工作;拟订应急预案,指导各地应急处置和能力建设,组织协调联防联控;开展流行病学调查、病原检测工作。
灾害评估处:参与制定林草生物灾害损失评估指标体系,开展林草生物灾害损失评估,承担灾害保险技术支撑。
项目处:参与制定行业规划,指导各地开展国家行业项目申报和实施;拟订年度行业基建投资和救灾补助经费测算方案,开展绩效评价;承担防控中心基建项目报批和招标采购工作。
科技处:负责科学研究、试验示范、技术推广、标准等科研项目管理;负责科研平台管理,承担知识产权、成果转化和国内外学术交流工作;负责学术委员会日常工作。
研究中心:开展林草生物灾害及相关生物安全技术科学研究和集成创新;开展相关种质资源收集和利用;承担实验室日常管理和有害生物检测鉴定。
编辑部:负责科技期刊编辑、出版和发行,承担科技文献信息服务工作。
宣传处:负责生物灾害防控、相关生物安全和防控中心日常宣传工作;承担舆情监测、宣传平台运行工作。
信息化处:指导全国生物灾害和相关生物安全信息化工作;负责中心信息化管理,承担业务信息系统、门户网站和计算机网络的建设、运行维护和安全管理。
计财处:负责资金计划和财务管理工作;承担会计核算、经费预决算、资金调配和监管、资产价值管理和政府采购管理;承担内部控制建设工作。
行政处:负责后勤服务保障和安全保卫工作,承担基础设施建设和运行维护;负责实物资产管理、物资采购和公务接待工作。